Vanimad kirjalikud andmed setode asuala suuruse kohta piirkonnas, mida tänapäeval tuntakse Setomaana (sõjaeelne Petseri maakond), pärinevad 19. sajandi keskpaigast. Seal leidus nii seto kui vene, vähemal määral aga ka seto-vene segaasustusega külasid. Jakob Hurda andmetel oli Setomaal 19. sajandi lõpus 250 seto küla. Märke vähesest seto asustusest on aga ka mujalt Pihkvamaalt. Kuni 1920. aastateni kestis seto külades keskajale omane elulaad, milles soome-ugri kultuuri põimusid slaavi kultuuri mõjutused.
Esimest korda mainib sõna ’seto’ (Settu, Settuke) H. E. Hartmann ajakirjas Das Inland 1860. aastal. See olevat vana nimetus, mida teatakse kogu Eestis – nii kaugele, kui ulatub teadmine poluvernikutest ehk „pooleusulistest“. Tema teatel setod seda nimetust enda jaoks ise meelsasti ei kasuta, pigem nimetatakse end kuninga rahvaks või „voolja rahvaks“ (s.t vabaks rahvaks).
Lõuna-Eestis tunti ja teati õigeusulisi setosid peamiselt tänu savinõusid müüvatele potisetodele, kes äratasid tähelepanu riiete ja erilise keelemurde poolest. Setode arhailine kultuur, eriti naiste rikkalik lauluvara kütkestas nii eesti kui soome uurijaid. Alates 19. sajandi lõpust hakkas eesti haritlaste seas ja nende vahendusel rahva hulgas laiemalt levima teadmine setodest kui eestlaste „noorematest vendadest“. Tihti on vanemates uurimustes ja kirjanduses setosid nimetatud ka Petseri või Pihkva eestlasteks. Setod ise on ennast selgesti eristanud nii venelastest (vindläse’) kui ka eestlastest (mõtsiku’ või tsuhkna’).
Kuni Tartu rahuni kuulus Setomaa Pihkva kubermangu, kus loendati 1860. aastal umbes 7000 setot/eestlast. Ühte piirkonda kuulunud seto külad moodustasid omapärase, piirkondliku ühtekuuluvustunde põhise üksuse – nulga. Kokku on teada 12 nulka. Setomaa tähtsaim keskus oli Petseri linn, mis tekkis kloostri ümber. Klooster oli ka piirkonna suurim maavaldaja. Mõisaid oli vähe ja needki väikesed. Maad kasutasid külakogukonnad, kes jagasid seda ise teatud aja järel talude vahel ümber. 1906. aasta maaseadusega hakkas tekkima eraomand, mis tsaariaja lõpuks hõlmas maavaldustest umbes 31%.
1850. aastatel algas eestlaste ja lätlaste sisseränne Setomaale. Sinna siirdus elama umbes 3000 eesti asunikku, kes ostsid sinna talusid. Samas rändas 20. sajandi alguses tuhandeid setosid maapuuduse tõttu välja Siberisse (peamiselt Krasnojarski kraisse).
