Lisaks eestlastele elas keskajal maal teisigi mittesakslasi. Ajaloolise Läänemaa ja Harjumaa rannikul ja väikesaartel, samuti Hiiumaal elasid keskajal rannarootslased, keda mainitakse ka kirjalikes allikates.
Perioodi algupoolest on Eesti nimede allikaid mõnevõrra rohkem kui 14.–15. sajandist, mis on kaetud lünklikumalt.
Keskajal võib Eestis arheoloogia andmetel, matmiskommete ja juhuleidude põhjal eristada kaht suuremat kultuuriruumi.
Esimesed kirjalikud allikad, kus on näiteid eesti keele kohta, on säilinud 13. sajandi esimesest poolest.
Keskajal asus Eesti alale elama rohkelt peamiselt Saksa päritolu germaanlasi, kes moodustasid tollase ühiskonna sotsiaalse ülemkihi. Huvitavaid tulemusi on andnud keskajal linna- ja maakalmistutele maetute DNA võrdlemine.
Muutused sotsiaalsetes suhetes, majanduses, rahvastikus ja poliitilises korralduses, mis Eestis põhiliselt 13. sajandi jooksul aset leidsid, tõid kaasa eri keelte ja tavadega inimeste elamise kõrvuti või koos.
„Taani hindamisraamat“ lubab oletada, et 1240. aasta paiku oli umbes 10% Põhja-Eesti vasallidest kohalikku („eesti“) päritolu. Kuivõrd seda teavet võib laiendada maa teistele osadele, on ebaselge.
Lisaks eestlastele ja sakslastele asus juba siinse linnaelu (viide) algusajal Liivimaa linnadesse inimesi ka mujalt. 14.
Linnades oli võimupositsioonil alamsaksa keelt kõnelev ja hansalinnade ühiskultuuri esindav eliit, mis samas oli arvuliselt vähemuses.
Kõige püsivam kohalik rahvarühm, kelle hulgas enamuse moodustasid kunagi võõrsilt saabunute järeltulijad, oli Liivimaa aadel – mõisnikud. Seejuures, erinevalt sageli esinevast ettekujutusest, polnud enamik Liivimaa sakslasi aadlikud.
Seni on vana DNA abil uuritud enam kui 70 Eesti keskaegsetele maakalmistutele maetud inimese luustikke.
Kuigi kirjalikke allikaid 13. sajandist on säilinud vähe, kinnitavad need ometi, et kohalik rahvas osales Liivimaa linnaelanikkonna kujunemises kohe linnaelu algusest saati. Inimeste täpsema päritolu kohta annavad tunnistust nende nimed.
Eesti keskajaks nimetatakse traditsiooniliselt perioodi 1200–1550, mis Euroopa üldise ajaloo kontekstis vastab hiliskeskajale ja varauusaja algusele. 13.