19. sajandi kohanimepilti mõjutasid olulisemalt kaks protsessi: talumaade kruntimine ja uute väikeasulate teke. Kruntimine tähendas seni hajali asetsenud ühe talu maatükkide kombineerimist enam-vähem terviklikeks kruntideks ehk talukohtadeks, mida oli kergem hallata ja müüa. Sellega koos muutus mikrotoponüümide tekkimisloogika: kui varem oli omandisuhe teisejärguline ja maastikku liigendati peamiselt tema omaduste järgi, siis nüüd nimetati viljeluskohta sageli selle järgi, et enne kruntimist oli see kuulunud sama mõisa mõnele teisele talule, näiteks Saksaniit ja Lauriniit. Tekkisid põllunimed naabertalu järgi. Küla tasemel viljelusnimede süsteem hakkas kujunema talukeskseks, st  Sepa talu järgi Sepa heinamaa, Sepa põld, Sepa karjamaa. Teisisõnu tõi kruntimine kaasa kohanimepildi kiire muutumise ja vaesustumise. Looduslikel põhjustel oli kruntimist vähem Saaremaal, kohati Lääne-Eestis ja rannapiirkondades. Neis paigus säilis varasem kirev nimekooslus. 

Kruntimisel viidi osa talusid külast välja ja nõnda moodustusid uued asulad, mille tüüpilised nimed on nt Tagaküla, Väljataguse, Uuevälja. Ka väiketalupoegade eluasemete jaoks moodustati sageli uusi asulaid, nende nimed olid kohati halvustavad, nagu näiteks Junnküla, Näruküla, Röövliküla. Kruntimisel loodi ka uusi talusid ja külasid, viimased olid sageli hajakülad. Küla kui kindel kompaktne asustusüksus hakkas rahva teadvuses hägustuma, eriti märgatav oli see Lõuna-Eestis. 

19. sajandi jooksul müüdi suurem osa talusid päriseks, ühtlasi kinnistusid neile kui omandustele kindlad nimed. Kruntimisel külast väljaviidud talud võtsid oma nimed uude kohta kaasa, ent võisid saada ka uued nimed looduskohtade järgi või täiesti väljamõeldud nimed. 

19. sajandil arenes maarahva kohalik omavalitsus ja vallad muutusid üha mõjukamateks. Vallanimed, nendega koos ka koolide nimed lähtusid algselt mõisate nimedest. Hiljem, kui ühte valda liideti mitme mõisa maad, see seos hägustus, näiteks oli Pragi mõisa (Alexandershof) järgi nimetatud Aleksandri valla vallamaja hoopis Joosu mõisa lähedal. 

1890. aastatest alates on märgata Vene riigivõimu suurenevat sekkumist kohanimede määramisse. Eeskätt soositi vene nimede määramist ja tsaariperekonna jäädvustamist. 1891. aastal sai Triigi vallast Aleksandri vald, Palvere vallast Nikolai vald, 1913. aastal Väätsa vallast Romanovi vald. Venestuse sümboliks sai Tartu nimetamine Jurjeviks 1893. aastal. Tsaaritruudust näitasid ka mõned tänavanimed. 

20. sajandi alguseks said n-ö ametlikud tänavanimed kõik Eesti ajaloolised linnad. Nimevalik oli enamasti neutraalne, kujunenud pikema rahvaliku kasutuse põhjal; tüüpilised nimed olid Kauba, Kiriku, Kooli, Lai, Lossi, Pikk, Rüütli. Kalendrites avaldati need nimed sageli kolmes keeles (vene, saksa, eesti).