19. sajandil moderniseerus Eesti ühiskond aina kiirenevas tempos ja ühes sellega polnud kirik 20. sajandi alguseks enam ühiskonna ainuke suunanäitaja, vaid üks paljudest kultuuri- ja haridusorganisatsioonidest, mis rahva igapäevaelu sisustas. Samal ajal suurenes Eesti ühiskonnas usuelu mitmekesisus: 19. sajandil lisandusid õigeusk ja vabakogudused.
Luterlikus kirikus, mille liikmeskond küündis Eesti omariikluse alguses 78%-ni Eesti elanikkonnast, oli 19. sajandi kõige suuremaks usuliseks liikumiseks vennastekoguduse (vennastekogude) liikumine. Selle liikmete arv küündis 19. sajandi keskpaigas umbes 50 000-ni. Vennastekoguduse palvemajad järgisid taluarhitektuuri ja palvetundides kõnelesid ka eestlastest talupojad. Koos palvetati, lauldi, loeti piiblit ja peeti sel teemal vabas vormis jutlusi. Alkoholipruukimisele vaadati viltu ja riietuses oldi tagasihoidlikud.
Kahe kirikuvahetusliikumise käigus 1840.-tel ja 1880.-tel aastatel siirdus umbes 75 000 inimest luteri kirikust õigeusku. Eesti omariikluse alguses määratles 19% Eesti elanikest end õigeusklikuna, mis tegi õigeusust luterluse kõrval suuruselt teise konfessiooni. Õigeusu kirik rajas üle kogu Eesti oma kirikute võrgustiku, mille kõrvale asutati õigeusu kirikukoolid, kus õppisid ka teiste kirikute liikmete lapsed.
Alates 1870. aastatest hakkasid Eestis levima uued usulised äratusliikumised, kus peeti oluliseks lihtsaid usulisi praktikaid, nagu palvetamine, piiblilugemine ja vahetu koosolemine (osadus) teiste kristlastega. Kõigepealt tekkisid baptistide ja priilaste kogudused (joonis 1), 20. sajandi algul järgnesid evangeeliumi kristlaste, metodistide, nelipühilaste ja adventistide kogudused. Toonases kõnepruugis nimetati neid lahkuskudeks ehk peavoolust lahknevateks usuliikumisteks. Vabakogudustes ei ristitud lapsi, vaid peeti tähtsaks inimese teadlikku usu tunnistamist ja usulist pöördumiskogemust.
Väiksematest uskkondadest tegutsesid Eestis veel katoliiklased (kogudused Tallinnas, Tartus, Valgas ja Narvas), keda oli 20. sajandi algul Eestis ligi 6000. Katoliiklased olid enamasti leedu või poola rahvusest, eestlasi oli nende seas vaid üksikuid. Samuti oli Eestis juudiusuliste (joonis 2) ja moslemite kogukond. Moslemid tegutsesid Tallinnas ja Narvas üüritud ruumides, juudiusulistel olid aga sünagoogid nii Tallinnas kui ka Tartus.
Usuolude liberaliseerimine Vene tsaaririigis algas 1905. aasta usuvabaduse dekreediga, mille järgi kirikust väljaastumine polnud enam kuritegu.
