Milline on eestlaste geneetiline pärand ja selle eriomadused? Geneetiline sarnasus on mitmetahuline ja keeruline teema. Siinses kontekstis huvitab meid tegelikult ju hoopis populatsioonide lahknemise aeg ja nende hilisema segunemise aeg ja määr. Mõlemad nähtused kujundavad geneetilisi erinevusmustreid asurkondade vahel. Kuid lisaks neile mõjutavad geneetilise erinevuse kuhjumise kiirust ka populatsiooni suurus ja selle muutumine. Nimelt on geenivariantide (alleelide) sageduse muutumine ajas kiirem, kui populatsioon on väiksem. Mängus on juhuslikkuse komponent: nagu mündiviskamisegagi, hajuvad väiksemate valimite puhul tulemused oodatust rohkem. Seetõttu on ajaloo rekonstrueerimiseks väga oluline uurida  geneetilise sarnasuse erinevaid aspekte. 

Lihtsustatult võime öelda, et igal geenil on kaks varianti – alleeli. Populatsioonid erinevad alleelide sageduste poolest, ning need erinevused kuhjuvad ajas. 

Teisalt võime mõelda genoomi kui 22 lineaarse molekulipaari (kromosoomid) peale. Järglane saab igasse paari ühe kromosoomi emalt ja teise isalt. Aga siin on üks konks. Rekombinatsioonis lõigatakse kromosoomid igas põlvkonnas juppideks ja pannakse siis uuesti emalt ja isalt tulnud juppidest kokku. See protsess kordub põlvest põlve. Seetõttu jagavad kaks genoomi seda lühemaid genoomilõike, mida rohkem on aega möödas nende genoomide lahknemisajast.  

Soomlased on geenivariantide (alleelide) sagedusi silmas pidades eestlastest erinevamad kui lätlased. Kui aga lugeda kokku, kui palju jagavad eestlased ja soomlased pikki genoomilõike, siis neid on jälle rohkem kui eestlaste ja lätlaste vahel. Mida see tähendab? Aga seda, et vaatamata sellele, et soomlased on täna eestlastest viis korda suurema rahvaarvuga, põhineb soomlaste geneetiline mitmekesisus väga väiksel algpopulatsioonil. Võime niisiis järeldada, et toimus tugev asutajaefekt. Soomlaste alleelisagedused muutusid kiiremini kui eestlastel ja lätlastel. Pikkade genoomilõikude jagamine soomlaste ja eestlaste vahel annab siiski tunnistust nende rahvaste pikemast ühisest ajaloost.  

Jagatud genoomilõikude pikkuste jaotusest on võimalik tuletada ka populatsiooni (efektiivse) suuruse muutusi läbi aja. Ja ka siin paistavad välja Eesti-sisesed piirkondlikud erinevused (jn 1). Näeme, et enne Liivi sõda (link) on kõikjal Eestis, v.a Kagu-Eestis, toimunud populatsiooni kasv. Hästi on näha järgnenud sõdade, katku ja näljahädade tõttu toimunud rahvaarvu kokkuvarisemine. Kui ajaloost teame, et kahe sõja vahel kasvas rahvastik kiiresti, siis geneetilistes andmetes seda näha ei ole.  Geneetiline mitmekesisus – signaal, mida me siin tegelikult loeme –, taastub nimelt rahvaarvu taastumisest palju aeglasemalt.  

Eestit tabanud sõdade põhjustatud hädades paistab geneetiliste andmete põhjal kõige rohkem pihta saavat Edela-Eesti. Pärast Põhjasõda (link) näeme juba kõikjal Eestis kiiret rahvastiku kasvu.